尽管满洲人建立清朝，但忠于明朝的人控制中国南部地区。

1645年，大明遗臣在南京立福王为帝，抵抗清朝，但福王是一位昏君，追求享乐、怠于政事。

一些大明遗臣在绍兴立鲁王为领袖，一些大明遗臣在福州立唐王为领袖，虽然鲁王与唐王是叔侄关系，因水火不容，最终都被清军击败。

1646年，另外一些明朝遗臣在广州立唐王之弟为领袖（即新唐王），但其统治只维持了仅仅四十天。

1648年，万历帝之孙桂王虽然控制了南部和西南部七个省，但满人和汉人的合围猛攻，彻底摧毁了桂王的政权。

郑成功，又名“国姓爷”。在1655年初，他完善了军政机构；1658－1659年间，他经海路攻袭浙江和江苏，占领了重镇镇江；1661年，他率900艘船舶和25,000名士卒征服了荷兰占领的台湾，并结束了荷兰对台湾的统治；1662年6月23日，国姓爷暴卒，年仅38岁。尽管郑成功的儿子继承抗清大业，但内讧严重、斗志全无。1683年，清军攻占台湾。

伴随南明势力集团多次抗清的失败，清朝彻底征服了全中国。